当时的空气动力学套件并没有现在这么丰富，所以在这款车上看不到“小翅膀”之类的附加件，车头和车身都非常干净，碳纤维加树脂纤维做成的外壳能够提供很好的强度。仪表不像现在有这么多功能显示，最上边是转速条，下面的六位数字则是转速，右边的三位数字是速度显示以及挡位显示，下面两组数字负责显示剩余汽油量、剩余圈速、最佳单圈时间、最高速度。如今的MotoGP仪表不仅有各种电控系统显示，还能收到车队给车手的信息提示，这在之前可是没有的。车头风挡上会贴上意大利汽车检查标签，以方便通关。
由于缺少电控系统，2006款的YZR-M1车把非常简洁，按键很少，左边车把的“LC”键为起步控制按键，起步发车时会用到。下面的“MAP”按键是用来调整发动机输出的，会有几个预设好的输出模式可以选择。右车把同样也只有两个按键，“PIT”按键是维修区限速按键，只在维修区使用，下面红色的“STOP”按键用来关闭发动机。和如今的YZR-M1相比，左右车把按键加起来还没有现在一边车把按键多。值得注意的是，2006款YZR-M1左手没有拇指刹车按键，这也是和目前车款的一大不同，而且2006年还没有强制安装刹车护弓，所以这个零件在当时也是看不到的。
21L的油箱一部分在车座下方，为了更好的平衡整车的重心，现在的YZR-M1也是这样设计的。油箱的前部是个盖子，下面则是进气系统以及各种电子元件。侧面的导流罩设计了开口为离合器散热，尾部相比现在的YZR-M1要小得多，预留了摄像机安装孔位，由于规定的最小车重是算上摄像机的，所以在不安装摄像机时，尾部会安装铝制砝码配重。
赛车相比量产车不同的是，很多零件被设计成快拆，比如油门线上都有快拆设计，前制动软管和卡钳连接处也设有快拆接头，并且当时已经使用碳纤维符合材料制动盘了。后制动卡钳的固定方式也是快拆设计，方便更换轮胎时快速拆卸。还有一些细节能够看出赛车在轻量化上的努力，比如仔细观察前轴的厚度，非常薄，还有各种碳纤维的应用，让这款车的重量在157kg左右。
脚踏部分和现款差别不大，但在2006年YZR-M1已经配备了电子快速换挡，而后制动杆被设计得非常短，为的是在右弯也能方便操纵后制动，如今越来越多的车手喜欢用拇指刹车来解决这一问题。
2006年的YZR-M1在开局给罗西制造了不少麻烦，但在赛季最后，罗西上演绝地反击，但冠军还是被海登拿走。2007年，YZR-M1进入800mL排量时代，直到2012年，才变为我们现在熟悉的1000mL排量。经历了十几年的发展，从2002年围绕YZR500设计的942mL四冲程四缸赛车赛车，到如今已经进入全面电子化的YZR-M1，不仅见证了MotoGP发展的历史，也是雅马哈赛车技术发展的缩影。
